نين جوتسو در لغت به معناي هنر پنهاني است كه شيوه اي به وجود آمده براي دفاع از خويشتن و رسيدن به مهارتهاي ويژه رزمي براي غلبه بر دشمن در مورد تاريخچه اين سبك رزمي بايد گفت: در قرن ششم ميلادي مذهب بوديسم وارد كشورژاپن شد و موجب بوجود آمدن چالش بين دو مذهب بوديسم و«شينوئيسم» شد كه مذهب ملي آن دوران بود طرفداران مذهب بوديسم به روايتي همان پيشينيان نينجا بودند آنها دراوايل قرن هفتم براي فرار از شكنجه

 مذهبيون به جنگلها و كوهها سوزوكا رفتند و با مابوشي نام گرفتند مبدأنينجاها دو سرزمين كوگا و ايگا بوده با معروفترين خانواده هاي نينجا «هاتوري،فوجي باياشي موموچي» است ؛ دوره كاماكورا يك دوره طلايي براي آنها بوده همچنين يكي از دشمنان قسم خورده نينجاها «ادانابوناگا» بوده است متولياني كه براي ترويج اين رشته تلاش كرده اند :

«ماتاميتونودا،تاكاماتسو،ماساكي هاتسومي ،اتيسون هيرز،شوتوتانه مورا،برايان مك كارتي و…

 نين جوتسوقدمت 800 ساله ریشه درتاریخ دارد .